（一）办公室。承担全所的日常运转，负责财务、资产、内审、人事、文书、档案、会务、后勤、党务、安全等工作；负责离退休人员相关管理工作；负责起草综合性材料、重要文件；负责单位预决算编制、执行和监督；负责其他事务性工作。

（二）科技发展研究中心。负责对全市科技创新发展中的重大战略问题及热点、难点问题进行前瞻性与综合性研究；围绕全市创新工作重点，组织开展调查研究和竞争性情报分析，并提供相应的方案与调研报告，供领导决策参考；组织实施相关主动设计的科技创新公益性基础研究工作。

（三）科技统计监测中心。负责承担国家以及省、市的相关科技统计工作；负责建立全市科技统计工作体系，开展科技统计培训，收集科技统计资料，对统计数据进行追踪、比较和分析，建立科技创新指数；负责科技统计快报，反映我市科技创新发展情况；根据统计数据开展科技统计监测分析和调查工作，并提出发展意见与建议。

（四）科技信息网络中心。负责“科技大脑”建设，实现省市县三级科技部门科技核心业务和科技数据资源互通互联、共建共享；负责市科技系统网络与信息安全的建设、运维和管理；承担市科技系统门户网站等网络系统运行和支撑保障。

（五）数据资源室。承担市级科技档案加工管理、科技项目、科技成果等数字化建设、编研开发及查阅服务；提供国内外期刊、专利、标准、学位学术论文、学术成果查证等信息咨询服务；负责科技创新工作宣传，包括声像宣传和温州科技信息资源（主要是“两微一博一网站”）的收集、加工、维护、信息发布等工作；负责温州市科技年鉴编写。

（六）科研管理室。负责科技项目管理系统的日常管理，承担各类科技专项（项目）的受理、初审和立项评估等相关事务性管理服务工作。